Ο Πίος ΙΒ’ έχει δεχθεί πυρά από μερικούς ιστορικούς επειδή δεν κατήγγειλε τα στρατόπεδα θανάτου των Ναζί, ενώ άλλοι ιστορικοί έχουν υποστηρίξει πως εργάσθηκε μυστικά για να σώσει τις ζωές πολλών εβραίων.
Eπιστολή που «ήρθε στο φως» αποδεικνύει πως ο πάπας Πίος ΙΒ γνώριζε για το Ολοκαύτωμα